El museo se encuentra en el Centro Histórico, justo en frente del Jardín, junto al Templo de San Francisco, sobre la calle Corregidora. La entrada al museo tiene un costo de $55 pesos, mientras que estudiantes, jubilados nacionales y extranjeros con credencial vigente tienen acceso sin costo.
La iglesia fue terminada el 1753 y fue habitada por Franciscanos, la iglesia es muy bonita y se puede visitar el convento. Lo más impresionante de esta Iglesia es que en su interior ay un árbol que brota espinas en forma de cruz, siendo el único del mundo.